Az elhalt fogak vagy a hibásan gyökérkezelt fogak gyökércsúcsa körül kialakulhatnak nagyobb méretű gyulladások, amelyek folyamatos lassú növekedést mutatnak: ezek a gyökérciszták. A foggyökér ciszták jóindulatú elváltozások, azonban folyadékot termelnek, így állandó nyomást fejtenek ki a környező csontszövetre, folyamatosan pusztítva azt. Ezért lényeges a cisztát minél előbb sebészileg eltávolítani, amelyet front és kisőrlő fog esetében foggyökér rezekcióval, nagyőrlő fog esetében azonban csak foghúzással tudunk megoldani. Lényeges, hogy a ciszta minden apró szövetdarabját eltávolítsuk, ellenkező esetben könnyen recidiválhat, azaz kiújulhat.